Pada tahun 1999, Yusuf Emir Faisal merambah ke dunia politik. Dia bergabung dengan Partai Kebangkitan Bangsa yang kala itu dipimpin oleh Gus Dur. Pada tahun 1999, Yusuf terpilih menjadi anggota DPR RI dari fraksi PKB. Dia menjadi anggota Komisi IV yang membawahi permasalahan Kehutanan. Dalam komisi itu, Yusuf didapuk untuk menjadi ketua. Pada tahun 2008, skandal korupsi mendera Yusuf Emir Faisal. Oleh KPK dia dijadikan tersangka kasus dugaan suap proyek pengalihan fungsi hutan di Tanjung Api-api, Sumatera Selatan. Kasus itu meliputi proyek pengalihan fungsi hutan bakau seluas 1.200 hektare yang disetujui Menteri Kehutanan MS Kaban pada 14 Agustus 2007 itu. Yusuf menjalani sidang hingga divonis 4,5 tahun.