Yosua Pahabol menjalani karir seniornya ketika memperkuat Persiwa Wamena pada tahun 2008 sampai 2010. Namun pada tahun 2011, ia memutuskan untuk hengkang ke Semen Padang. Pada tahun 2012, ia dipanggil untuk mengikuti seleksi Timnas U-21 yang akan berlaga di Hasanal Bolkiah Thropy 2012 di Brunei. Bersama Andik Vermansyah ia menjadi penyerang yang keunggulan dalam dribling yang sangat cepat. Di Piala Sultan Hassanal Bolkiah 2012, ia hanya mencetak 1 gol ketika melawan Filipina U-21 dan membuat kedudukan menjadi 3-0. Ia juga sempat dipanggil Timnas untuk menghadapi klub eropa, Internazionale pada tanggal 26 Mei 2012. Dimana ia mencetak 1 gol pada menit akhir babak kedua dan membuat kedudukan timnya menjadi 2-4. Saat ini Yosua bersama Andik dan kawan-kawan berjuang di ajang kualifikasi Piala Asia U-22.