Sejak menjabat sebagai anggota Komisi B Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Malang, sepertinya masalah tak henti-hentinya menghadang Bambang Winarto. Ketika baru saja dilantik sebagai anggota DPRD di tahun 2009 posisinya sebagai wakil rakyat langsung berada di ujung tanduk atas dugaan penggunaan ijazah SMA palsu. Dugaan ini mencuat setelah adanya laporan warga bernama Oksi Fitri Hadi yang menulis surat pada Komisi Pemilihan Umum (KPU) perihal informasi ijazah palsu dan meminta KPU mengoreksi kesalahan penetapan hasil Pemilu Legislatif 2009 yang menyatakan bahwa Bambang, berhak mendapat kursi DPRD Kabupaten Malang. Surat yang melampirkan surat konfirmasi ditandatangani Kepala Dinas Pendidikan Provinsi Jatim Surwanto itu sayangnya diterima oleh anggota KPU kabupaten Malang setelah terjadinya pelantikan anggota DPRD sehingga KPU tidak bisa membatalkan pelantikan dan tindakan atas kader Partai PDI Perjuangan ini terletak di tangan partai dan Badan Kehormatan DPRD Kabupaten Malang. Surat konfirmasi dari Dinas Pendidikan tersebut menyatakan bahwa ijazah Kader PDIP dari daerah pemilihan III yang meliputi Kecamatan Jabung, Pakis, Tumpang, Wajak dan Poncokusumo ini bermasalah dan karena itu diduga palsu karena nomer ijazah SMA yang diberikan Bambang saat mendaftar sebagai anggota dewan ternyata bukan atas nama Bambang Winarto. Pun demikian dengan nomer peserta pada fotokopi ijazah SMA, yang ternyata merupakan nomer peserta ujian persamaan SMP. Kasus dugaan ijazah palsu Bambang di Badan Kehormatan DPRD tertunda karena adanya pemilihan kepala daerah dan baru mulai bergulir kembali di bulan November 2010 setelah pelantikan bupati dan wakil bupati selesai dilaksanakan. PDIP sendiri saat itu masih menunggu alat-alat kelengkapan dewan untuk bisa memberikan sanksi kepada Bambang Winarto. Seakan tidaklah cukup dengan satu berita miring, pria yang akrab dengan panggilan Bambang Win ini kembali diterpa masalah di tahun 2011 dengan mencuatnya kasus laporan penganiayaan di bulan Oktober yang berakhir di persidangan bulan Februari 2012. Kasus laporan penganiayaan yang ironisnya berasal dari adik ipar Bambang, Sujarwoko, ini terjadi setelah Bambang menitipkan kuda miliknya pada kandang milik Sujarwoko tanpa sepengetahuannya. Sujarwoko yang berang karena kandang kudanya tiba-tiba ditempati oleh satu kuda asing tanpa seijin dirinya meminta pegawai kandang kuda untuk mencari tahu siapa pemilik kuda asing tersebut. Ketika tahu siapa pemilik kuda tersebut, dan ia berhadapan langsung dengan Bambang yang mendatangi kandang kuda, perdebatan pun terjadi. Perdebatan yang berawal dari sekedar penitipan kuda ini semakin disulut kenyataan bahwa hubungan kekerabatan antara mereka tidaklah harmonis sehingga dengan mudahnya berujung pada Bambang memberikan benturan kepala dan diakhiri dengan memukul bibir dan pipi Sujarwoko. Dengan alasan agar Bambang tidak kabur dan menghilangkan barang bukti, Polres Malang pun menahan di Tahanan Polres Malang untuk kemudian dipindahkan ke Lembaga Pemasyarakanan Lowokwaru, Malang, ketika statusnya resmi dijadikan terdakwa oleh Kejaksaan Negeri Kepanjen. Kasus ini berakhir dengan damai setelah Sujarwoko dan Bambang saling memaafkan satu sama lain dalam persidangan. Namun pelbagai permasalahan yang menimpa Bambang Winarto ini bagaikan mendapat jawabannya mengenai integritas Bambang Winarto setelah terbukti bahwa beliau bukan saja tetap dipercaya PDIP sehingga dijadikan ketua PAC Dewan Pimpinan Daerah untuk kecamatan Jabung untuk masa bakti 2011- 2016, kedudukannya sebagai anggota DPRD hingga sekarang pun masih beliau jabat. Bahkan ketua DPRD Kabupaten Malang sendiri bersedia menjadi penjamin penangguhan hukuman baginya ketika beliau ditahan dalam kasus penganiayaan.