Amin Santono memulai kariernya di Departemen Keuangan RI pada tahun 1973 dengan menjabat sebagai Ditjen Moneter Departemen tahun 1973 – 1976 dan kemudian tahun 1976 – 2002 mendapat posisi sebagai Ditjen Pajak Departemen Keuangan RI. Tahun 2006 Amin Santono menjabat sebagai Komisaris di PT. Salira Putra Santono. Di tahun 2008 Amin Santono menjabat sebagai Direktur di CV. Mitra Amin Sejahtera yang ada di Kuningan dan juga sebagai Direktur Utama di PT. Koin Bumi Utama.
Amin Santono yang dikenal sebagai tokoh Koperasi dan UKM Nasional ini pun berpengalaman dalam berorganisasi. Tahun 1994 di Yayasan Pendidikan Islam Al-Amin, Amin Santono menjabat sebagai Ketua. Jabatan ketua juga disandangnya dalam Paguyuban Keluarga Harukuning se-Jabodetabek pada tahun 1999. Sebagai mantan Ditjen Pajak Departemen Keuangan RI, Amin Santono pun tercatat sebagai Anggota Pensiunan Ditjen Pajak (P5) tahun 2002.
Di dalam Partai Demokrat, Amin Santono pernah menjabat sebagai Wakil Ketua DPD Partai Demokrat Jawa Barat di tahun 2006. Partai inilah yang mengusung namanya dalam bursa Calon Legislatif Pemilu 2009 Fraksi Demokrat Dapil. Jawa Barat 10. Berhasil mendulang perolehan suara sebanyak 44.094 (25%), Amin Santono pun duduk di DPR RI Anggota Komisi XI Fraksi Partai Demokrat dengan Nomor Anggota A-487 sesuai ketetapan KPU 24 Mei 2009.
Tahun 2009 namanya sempat dikaitkan saat menyeruak adanya skandal asmara anggota DPR dari Partai Demokrat yang berpoligami menikah satu tahun lalu secara sembunyi-sembunyi tanpa sepengetahuan istri pertama. Ahmad Mubarok, Wakil Ketua Parta Demokrat membenarkan bahwa keduanya berinisial S untuk si wanita dan A untuk si pria. Nama Ahmad Santono yang dimulai dengan huruf “A” pun tak luput dari isu.
Setelah pernah mendapat peluang pada Pilbup Kuningan tahun 2004 dan ditambah ketokohannya sebagai anggota Komisis XI RI membuatnya dijagokan banyak kalangan untuk ikut dalam Pemilihan Bupati Kuningan tahun 2013 tetapi karena kesadarannya Amin Santono menolak dan memberikan kesempatan tersebut kepada HT Mamat Robby Suganda yang saat ini menjabat Ketua Komisi C DPRD Provinsi Jawa Barat.