Nama Alex Hasegem mulai dikenal luas dalam kancah percaturan politik Indonesia sejak namanya diumumkan Komisi Pemilihan Umum Papua sebagai pemenang dalam pemilihan kepala daerah dan berhak menduduki jabatan Wakil Gubernur Papua, berpasangan dengan Gubernur terpilih Barnabas Suebu, untuk periode 2006 - 2011. Pasangan yang didukung penuh oleh salah satu partai terbesar di Indonesia, Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan, tersebut berhasil memenangi pemilihan secara mutlak dengan raihan suara mencapai 31,49 persen jauh di atas keempat pasangan calon lainnya. Kiprah Hasegem sempat mencuat ketika namanya banyak dikutip media massa karena menolak implementasi microchip bagi penderita HIV/AIDS. Kebijakan yang semula ditujukan untuk meningkatkan kesadaran masyarakat, khususnya di wilayah Papua, akan HIV/AIDS tersebut disebut Hasegem tidak sejalan dengan prinsip universal hak asasi manusia. Pria penyandang gelar Sarjana Ekonomi ini kemudian menyebutkan bahwa penanganan HIV/AIDS tidak seharusnya berbalik menjadi stigma dan diskriminasi bagi penderitanya. Penolakan Wakil Gubernur tersebut juga sama dengan banyak LSM yang bergerak di bidang HIV/AIDS dan pemberdayaan wanita. Mereka beralasan bahwa penanaman microchip pada tubuh penderita AIDS sangat berpotensi mendiskreditkan korban, bahwa kebijakan semacam ini juga belum pernah diujicobakan di negara manapun, karenanya belum ada uji kelayakan yang menjamin keberhasilan metode tersebut. Atas dasar ini, Hasegem berkomentar bahwa tidak seharusnya kebijakan atau regulasi dimaksudkan sebagai uji coba bagi masyarakat Papua khususnya terkait penanganan HIV/AIDS. Dalam keseharian tugasnya sebagai 'Papua 2', Hasegem juga aktif bertindak selaku pembina pramuka untuk wilayah paling timur dari negara Indonesia ini. Dalam sebuah pidato penyambutan acara kepramukaan di tingkat nasional (2008), Hasegem secara resmi mengundang para peserta untuk berkunjung dan menikmati keindahan alam wilayah Papua.