Agus Widjoyo adalah putra dari almarhum Mayor Jendral Sutoyo, salah seorang dari enam jendral yang terbunuh pada tanggal 30 September 1965 telah sukses membangun karir militer seperti sang ayah. Agus Widjoyo lulus dari Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia pada tahun 1970. Sebelum ditugaskan sebagai Kepala Staf Teritorial pada Panglima Komando TNI, ia merupakan Komando Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat. Jabatan militer terakhirnya sebelum memasuki masa purnawira pada tahun 2003 adalah sebagai Wakil Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) mewakili Fraksi Militer dan Kepolisian Nasional. Selama kiprahnya dalam dunia kemiliteran, Jendral Purnawirawan Agus Wijoyo telah memainkan peran yang penting dalam pembaruan militer. Pada tahun 1998, ia berpendapat bahwa militer seharusnya keluar dari lingkaran politik. Pada tahun 2010, ia juga mengajukan pendapat bahwa Komando Distrik Militer (Kodim) dan Komando Rayon Militer (Koramil) lebih baik dihapuskan. Ia berpendapat bahwa Kodim dan Koramil tidak memiliki fungsi pertahanan di daerah. Komando teritorial terendah yang dapat melakukan fungsi pertahanan hanyalah Komando Resort Militer sehingga semua tanggung jawab teritorial lebih baik diserahkan kepada pemerintah daerah setempat. Penghapusan tersebut sejalan dengan reformasi TNI untuk tidak lagi terlibat dalam politik dengan memusatkan perhatian pada peran pertahanan nasional dan tidak lagi terlibat dalam masalah keamanan dalam negeri. Menurut Agus, pada masa lalu memang tidak ada pemisahan antara pembinaan teritorial dan komando teritorial, bahkan TNI juga terlibat dalam pembinaan teritorial yang sebenarnya menjadi urusan sipil. Namun sejak pemisahan Polri dan TNI untuk urusan ancaman dalam negeri, TNI tidak ikut campur karena hal itu sudah menjadi urusan pemda dan kepolisian. Agus menyebutkan, reformasi TNI pada hakikatnya merupakan pemurnian kembali peran dan kewenangan TNI sesuai dengan amanat konstitusi UUD 1945. Saat ini Widjojo merupakan anggota Dewan Penasihat Lembaga Ketahanan Nasional, Institut Perdamaian dan Demokrasi di Universitas Udayana, Senior Fellow pada Center for Strategic and International Studies (CSIS) di Jakarta, dan Direktur Eksekutif Institut Tata Pemerintahan Demokrasi Nasional. Saat ini ia adalah Wakil Ketua Dewan Eksekutif Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan.