Semen Kupang adalah satu-satunya industri semen di NTT yang pengoperasiannya diresmikan langsung oleh Presiden Soeharto pada 14 Agustus 1983. Kala itu kapasitas produksinya mencapai 120.000 ton per tahun.
Sejak berdiri, Semen Kupang merupakan perusahaan patungan dari PT Semen Gresik (mayoritas), BNI dan Pemda NTT melalui PD Flobamora (1,12 persen). Pada tahun 1991, perusahaan ini berubah statusnya menjadi BUMN. Kapasitas produksi sempat dinaikkan ke angka 570.000 ton per tahun karena harus ekspor ke Australia. Sayangnya, di bulan Maret 2008 pabrik ini berhenti beroperasi karena pailit.
Pasang surut perusahaan mulai dirasakan di era 2000-an. Utang perusahaan mencapai Rp 30 miliar lebih kala itu. Melihat situasi tersebut, Kementerian BUMN mencairkan dana sebesar Rp50 miliar dari APBN pada 2007 untuk menalangi utang-utang perusahaan serta memperbaiki manajemen yang terkesan amburadul itu.
Setelah 3,5 tahun lamanya mati, Semen Kupang kembali beroperasi pada Agustus 2011 lalu. Namun produksinya hanya terbatas pada kota Kupang, NTT saja.